rnascope原位杂交（rnascope原位杂交使用的仪器）

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1、另一个限制是，由于序列杂交的性质，总成像时间加起来至少为18小时，还不包括最初的36~48h的探针杂交时间，因此与其他技术相比(如DSP和Visium)，总体通量较低。此外，Multiplexed smFISH技术只能评估新鲜冷冻组织中一种类型的分析物，如RNA。

2、作者还使用RNAscope验证了这些细胞确实是星形胶质细胞(图4f)，并在靠近脑室的白质束中发现Timp1+星形胶质细胞(图4g-j)，表明亚群4的炎症成分可能是由通过脑室的外周信号诱导的。

3、主要是通过加热使细胞组织中的RNA解离出来，以增强探针与RNA之间的杂交效率和灵敏度。

1、虽然在阿尔茨海默病(AD)的淀粉样斑块周围观察到复杂的炎性样改变，但对表征这种反应的分子变化和细胞相互作用知之甚少。我们在此研究，在AD小鼠模型中，利用空间转录组学研究淀粉样斑块周围100毫米直径的组织中发生的转录改变。

2、接下来我们一起看一下，发表在Cell上一篇关于人类心脏研究的文章，充分发挥了空间转录组技术，全方位展示了单细胞空间分辨率下的全器官模式。

3、【方案设计】作者分别取两名 PDAC 患者的2例新鲜 PDAC-A 和 B 肿瘤组织进行研究，同时进行 scRNA-seq 和空间转录组建库测序分析。

4、年5月，Nature报道，通过对24名阿尔茨海默病人和24名正常人尸检大脑样本的8万个细胞进行单细胞转录组测序。研究不仅分析出兴奋性和抑制性神经元，还分析稀有的非神经元脑细胞，如少突胶质细胞、星形胶质细胞和小胶质细胞。

5、使用模拟和原位杂交数据集对CellTrek的基准测试证明了其准确性和稳定性。对小鼠肾脏及大脑等数据集的测试证明了CellTrek可以精确地映射不同组织类型的单个细胞，以解析它们的空间结构。

rnascope原位杂交（rnascope原位杂交使用的仪器）

虽然免疫疗法可以获得很高的成功率，但选择压力加上肿瘤内部的动态进化推动耐药克隆的出现，使肿瘤在某些患者中持续存在。为了提高免疫疗法的疗效，研究人员已经使用空间转录组技术来识别并随后阻断肿瘤异质性的来源。

周(9个 secitons)和9周(6个 sections)的心脏组织，采用空间转录组技术、原位测序技术、单细胞转录组技术三种技术手段，从时间和空间两个维度展示了人类心脏发育表达的模式。

在致癌转化过程中，经常观察到从头获得的干细胞和发育基因表达程序，由此产生的细胞具有无限的自我更新潜力。因此 circRNA包括上面描述的那些作用，有望在解除管制时在癌症发展中发挥作用。

同时空间转录组技术除了可以应用在常见的哺乳动物，也可以应用在植物学的研究上。我们以2020年1月份发表在Nature Biotechnology 上，对PDAC(胰腺导管腺癌)的研究为例，探讨下空间转录组在肿瘤生物学方面的研究。

肿瘤内三级淋巴结构 (TLS) 的存在与积极的临床结果和对癌症免疫治疗的反应有关。在这里，使用空间转录组学来检查肾细胞癌 (RCC) 中 TLS 内 B 细胞反应的性质。

将 LN 指定为转移的途径强调了了解 LN 局部对癌症的免疫的必要性。这种免疫的存在是通过以下发现来推断的：一些转移瘤从未扩散到 LN 的包膜下区域之外，并且全区域淋巴结 (RLN) 切除对转移性黑色素瘤患者缺乏治疗益处。

1、单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 方法可以分析单细胞的转录组，但不能保留空间信息。相反，空间转录组学 (ST) 分析可以描绘组织切片中的空间区域，但没有单细胞基因组分辨率。

2、首先利用了3个空间数据集模拟生成的ST数据来测试CellTrek的性能，与其他方法相比，CellTrek在多种条件下有更好的表现，在空间上映射出了更多的细胞，并且有最小的相对熵。

3、Stereoscope 包含一个噪声术语作为“虚拟”细胞类型的一种形式，以解释不对称数据集，其中细胞类型在空间和单细胞数据中没有完美重叠。

4、通过对细胞通讯的分析发现， ovarian基质细胞是细胞间通讯的主要传递者，它们发出的许多信号被颗粒细胞和卵母细胞接收，参与follicle发育。 ovarian基质细胞不是同质细胞群。

5、首先第一步要从解离的组织中识别各种细胞类型（单细胞转录组），然后匹配各个细胞类型的空间位置分布。

6、LIANA（LIgand-receptor AAnalysis frAmework）是一个框架，能够使用不同的资源和方法对来自单细胞转录组学的配体-受体相互作用进行优先排序。

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