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空间转录组技术在肿瘤免疫治疗中的应用潜力
虽然免疫疗法可以获得很高的成功率，但选择压力加上肿瘤内部的动态进化推动耐药克隆的出现，使肿瘤在某些患者中持续存在。 为了提高免疫疗法的疗效，研究人员已经使用空间转录组技术来识别并随后阻断肿瘤异质性的来源。
空间转录组学（Spatial Transcriptomics）是一种革命性的技术，它允许研究者不仅能够了解组织中哪些基因在表达，还能了解它们在组织中的确切位置。这种技术结合了成像和基因表达分析，可以在单细胞水平上解析组织样本的空间分布模式。
肿瘤内三级淋巴结构 (TLS) 的存在与积极的临床结果和对癌症免疫治疗的反应有关 。在这里，使用 空间转录组学来检查肾细胞癌 (RCC) 中 TLS 内 B 细胞反应的性质。
同时空间转录组技术除了可以应用在常见的哺乳动物，也可以应用在 植物学 的研究上。 我们以2020年1月份发表在Nature Biotechnology 上，对PDAC(胰腺导管腺癌)的研究为例，探讨下空间转录组在肿瘤生物学方面的研究。
单细胞测序获得的亚型，往往需要复杂的免疫荧光验证，如果有空间转录组的数据，也可以快速整合，定位单细胞测序得到的亚群在空间中的位置。
TLS相关成纤维细胞和其他细胞亚群分泌的存活因子支持TLS中的淋巴细胞稳态，可能有助于肿瘤反应性T细胞在肿瘤部位的长期持续存在。
【文献解读】cell-空间转录组和原位测序研究阿尔茨海默病
1、虽然在阿尔茨海默病(AD)的淀粉样斑块周围观察到复杂的炎性样改变，但对表征这种反应的分子变化和细胞相互作用知之甚少。我们在此研究，在AD小鼠模型中，利用空间转录组学研究淀粉样斑块周围100毫米直径的组织中发生的转录改变。
2、肿瘤微环境研究：空间转录组学可以揭示肿瘤和周围微环境之间的相互作用，帮助理解不同细胞类型在肿瘤进展中的作用。异质性分析：揭示肿瘤内部的细胞异质性，理解不同细胞克隆之间的空间分布。
3、年5月，Nature报道，通过对24名阿尔茨海默病人和24名正常人尸检大脑样本的8万个细胞进行单细胞转录组测序。研究不仅分析出兴奋性和抑制性神经元，还分析稀有的非神经元脑细胞，如少突胶质细胞、星形胶质细胞和小胶质细胞。
10X单细胞空间联合分析之十一(CellTrek)
单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 方法可以分析单细胞的转录组，但不能保留空间信息。 相反，空间转录组学 (ST) 分析可以描绘组织切片中的空间区域，但没有单细胞基因组分辨率。
Stereoscope 包含一个噪声术语作为“虚拟”细胞类型的一种形式，以解释不对称数据集，其中细胞类型在空间和单细胞数据中没有完美重叠。
首先利用了3个空间数据集模拟生成的ST数据来测试CellTrek的性能，与其他方法相比，CellTrek在多种条件下有更好的表现，在空间上映射出了更多的细胞，并且有最小的相对熵。
通过对 细胞通讯的分析发现， ovarian基质细胞是细胞间通讯的主要传递者，它们发出的许多信号被颗粒细胞和卵母细胞接收，参与follicle发育。 ovarian基质细胞不是同质细胞群。
MIRA 从而在一个有效且可解释的潜在空间中代表细胞状态，推断高保真谱系树，确定分支点命运决定的关键调节因子，并揭示局部可及性对不同位点转录的可变影响 。
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